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云南农大构建!全球最大型葡萄属植物基因组学数据库上线


来源:春城晚报

记者从云南农业大学获悉,该校与中国科学院植物研究所合作,构建了全球最大型葡萄属植物基因组学数据库。这也是我国葡萄遗传资源的首个原创性数据库。

5月27日,春城晚报-开屏新闻记者从云南农业大学获悉,该校与中国科学院植物研究所合作,构建了全球最大型葡萄属植物基因组学数据库。这也是我国葡萄遗传资源的首个原创性数据库。

葡萄是世界上最古老的果树树种之一,是葡萄属中栽培最多的水果作物,该属还含有约60种可育的野生种。在世界温带地区的原生栖息地中,北美约有28种野生葡萄品种,东亚约有30种野生葡萄种类。尽管葡萄栽培在人类历史中具有重要的文化意涵及经济价值,但大规模基因组遗传变异数据的缺乏导致无法解析其驯化传播历史,也严重阻碍了葡萄的性状改良。

随着全球越来越多葡萄属植物基因组的陆续解析,及相关重测序、转录调控等高通量数据的积累,研究人员迫切需要一个能够整合基因组、遗传变异数据、转录组和表型组等多层次数据的比较工具,对葡萄属的特定生物学特征或基因家族的基因序列、结构等进行比较分析。

为此,云南农业大学董扬教授、盛军教授,与中科院植物研究所李绍华教授共同合作,构建了首个葡萄属植物基因组学网站-VitisGDB (http://vitisgdb.ynau.edu.cn/)。

截至目前,VitisGDB共收录了葡萄属7个物种共22个基因组组装结果;收录并处理了包括1641个重测序数据以及相应的表型信息;预测鉴定出9395万个单核苷酸变异位点以及9.7万个基因共线性关系。通过整合多种可视化组件与基因组在线比较工具,该数据库将不同类型的数据有机整合到了一起,为用户提供了友好的数据检索、下载和在线分析服务。

国际著名葡萄研究工作者对这一成果给予极高的评价,认为该数据库是葡萄遗传资源领域类目前最全面和易用的数据库。该数据的上线,是我国葡萄遗传资源的首个原创性数据库,为葡萄这种“一带一路”典型作物的协同研究提供了重要工具。

来源:春城晚报-开屏新闻

[责任编辑:丁临敏]

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